Kościół św. Marcina jest jednym z najstarszych kościołów Warszawy. Został zbudowany w  r. 1352. W przylegającym do kościoła klasztorze osiadł zakon oo. Augustianów, którzy opiekowali się kościołem przez pięć wieków, do roku 1863. Wtedy to kościół przeszedł pod zarząd biskupa warszawskiego.

Trzy pożary w 1478 r., w 1669 r. i 1888 r. niszczyły kościół, który był kilkakrotnie przebudowywany i odnawiany.

Podczas powstania warszawskiego, we wrześniu 1944 r. legł w gruzach, świetny renesansowo-barokowy wystrój wnętrza kościoła, wraz z cennymi zabytkami, rzeźbami i dziełami sztuki ostatnich wieków.

W 1950 roku Państwowa Konserwacja Zabytków i Społeczny Fundusz Odbudowy Stolicy w ramach odbudowy Starego Miasta rozpoczęły odbudowę kościoła. Fasada, sklepienie i dach zostały odbudowane z funduszów państwowych.

W grudniu 1956 roku Biskup Warszawy: Kardynał Stefan Wyszyński powierzył odbudowę kościoła naszemu zgromadzeniu. Wtedy też otrzymałyśmy odbudowany już klasztor.

Dawna architektura barokowa otrzymała nowe wnętrze, bardziej dostosowane do funkcji liturgicznych i do potrzeb współczesnego człowieka. Projekt ogólny i szczegółowy wystroju wnętrza zrobiła s. Alma Skrzydlewska FSK.

6. września 1967 roku Ksiądz Prymas Stefan Wyszyński dokonał konsekracji kościoła św. Marcina. W uroczystej asyście, z kapłanami związanymi z naszym kościołem i zgromadzeniem oraz wśród licznie zgromadzonych wiernych Stolicy.